农村水利基础设施建设是农村生态文明建设的重要内容，在经济社会发展中具有举足轻重的作用。党的十八大报告指出，“要坚持把国家基础设施建设和社会事业发展重点放在农村，深入推进新农村建设和扶贫开发，全面改善农村生产生活条件”,农村基础设施建设被列为国家发展的重大课题。改革开放以来，随着经济建设中心任务向城市转移和农村土地政策转变，农村水利基础设施建设滞后，影响了农村生产、农民生活。主要有三个问题：
一是河道淤积妨碍通航。三十多年来，化肥大量使用，农村河道淤泥多年得不到清理，一些河道淤泥达到了一米厚度，不断涌出沼气之类的水泡，污浊不堪。加上水体的富营养化，不少农村地区河道中“水花生”之类的杂草占据了一半水面，阻滞了河水流动，降低了水体自净能力，也妨碍了水上通航。
二是水体污染十分严重。由于多数农村地区没有垃圾集中处理系统，生产生活的垃圾基本是扔进河道。化肥和农药的大量使用，对土壤和地表水、地下水的污染十分严重，而农村的种植业和养殖业用水又多来自地表水，不少农村地区癌病多发，与水质恶化关系极大，农村水体已到了非治理不可的地步。
三是灌溉设施基本荒废。计划经济年代，农村地区兴建了大量的灌溉总站和水渠，形成了比较完整的灌溉系统，在农业生产中发挥了重要作用。农村土地政策转变以后，灌溉总站系统基本报废，灌溉水渠大多荒废，农业灌溉主要利用土渠分散灌溉，跑冒滴漏现象严重，水资源的利用率低。不少地区的水资源利用率甚至只有10%左右，造成了水资源和能源的双重浪费。
大力推进农村水利基础设施建设是实现“中国梦”、建设美丽中国的重要抓手。通过政府投资兴建水利设施的方式，可以减少直接形式的农产品价格补贴，将价格补贴资金转变为投资资金，降低农业生产成本，提高补贴资金使用率。同时，加大农业基础设施投资力度，能有效改善投资结构，既可吸收建材行业过剩产能，又可创造良好的农业投资环境，吸引长期资本进入农业领域，促进农业健康发展。
由于农村水利基础设施建设系统性、政策性强，牵涉多方利益，复杂程度高，需要科学统筹规划。为此，建议：
一是在组织管理上，在中央层面设立专门管理机构，委托社会机构对农村水利状况进行摸底和评估，分析预测需要投入的资金和投入产出效益，拿出可行性报告，制订针对性实施方案。
二是在推进机制上，先选择部分地区进行试点，形成示范样板后再推广。
三是在资金安排上，实行共同承担建设支出的原则。中央财政发行长期国债如30年期或50年期国债，加上2011年《中共中央国务院关于加快水利改革发展的决定》提出的“从土地出让收益中提取10%用于农田水利建设”资金，实行全国统筹。地方以省级政府和地级市政府财政发行地方专项债券，县级政府从本地财政中安排一定比例资金，用于本地项目建设；中央资金依据项目完工验收结果，按比例向地方实行转移支付。
四是在支出管理上，以省级政府为单位，对材料采购和工程建设进行招标，县级政府为工程组织实施的责任主体和支出主体，并实行跨地区社会审计，对审计单位进行有效的奖惩调控，并依据相关法规对虚报和浪费情况进行追讨和惩戒，从严阳光控制工程支出。
