由环保总局拟定的《排污许可证管理条例(征求意见稿)》(下称《条例》)，目前正在广泛征求意见。这个条例的即将出台，也意味着全国将改变没有国家层面排污许可管理制度的现状。
《条例》提出，未取得排污许可证排放污染物的，由县级以上环境保护行政主管部门责令停止排污，并处10万元以上100万元以下罚款。
但这一《条例》并没有人们所关注的污染赔偿的有关内容。
此前，《水污染防治法》规定，对造成水污染事故企业事业单位,按照直接损失20%计算罚款,但是最高不得超过20万元；对造成重大经济损失,按照直接损失30%计算罚款,但是最高不得超过100万元。
《大气污染防治法》规定最高处罚限额为20万元。
上世纪80年代中期以来，全国很多地方开展了排污许可证工作试点。到目前为止，淮河、巢湖流域已实施了水污染物排放许可证。江苏、上海、广东、广西、重庆、四川、云南向70%以上的企事业单位发放了排污许可证。
另有一些省、自治区、直辖市在本行政区内的部分市、县的重点企业试行了排污许可证制度。云南、辽宁、上海、江苏、福建等省市在试点的基础上，将其纳入地方环境保护条例中。深圳、杭州制定了地方排污许可证管理办法。
《条例》提出，国家鼓励排污者采取可行的经济、技术或管理等手段，实施清洁生产，持续削减其污染物排放强度、浓度和总量。削减的污染物排放总量指标可以储存，供其自身发展使用，也可以根据区域环境容量和主要污染物总量控制目标，在保障环境质量达到功能区要求的前提下按法定程序实施有偿转让。
值得一提的是，《条例》明确了“信赖保护”的原则，提出“在排污许可证有效期限内，排污者有权按照许可证的规定依法排污。未有法定情形并经法定程序任何单位和个人不得剥夺或限制该权利。”排污许可证作为守法、执法的凭据，既约束排污单位，也约束环保部门。
